Zeszłej nocy wydarzyło mi się to samo.Nowy profil był jedynym i na dodatek pusty , zakladki oczywiscie  wszytskie znikly.
1.Utworzyłem nowy profil tak jak opisali wyzej.
2.Weszłem w folder C:\Documents and Settings\Darek\Dane aplikacji\Mozilla\Firefox\Profiles\....  tam poszukałem starego pliku z zakładkami,ma on nazwę bookmarks.Jest on też na pewno u Ciebie bo tych plików nie usuwa nawet deinstalator.
3.Wystarczy ten plik skopiowac do nowopowstałego o tej samej nazwie  (poznasz stary po wielkosci bo jest większy) w nowym profilu .
4.usunąłem ten poprzedni profil,zostawilem tylko ten co sam go przed chwilka załozylem
5.uruchomilem Mozille i ufff ,wszystko wróciło na miejsce ,jest po staremu 
6.teraz, deczko madrzejszy zrobilem sobie na wszelki kopie, strata zakladek bylaby niepowetowana