rymoholik, trudno stwierdzić co jest przyczyną Twojego problemu, ale niektóre nowsze programy (firewalle, przeglądarki, programy antywirusowe, antyspyware itp.) są tak "inteligentne", że blokują tzw. wyskakujące okienka (pop-up). Nie jest dobrze jeżeli programy robią to bez wiedzy użytkownika.
Inna, choć mniej prawdopodobna opcja, która przychodzi mi do głowy to wyłączenie wykonywania kodu javascript w opcjach internetowych